A Operação Mercenários provocou uma dança de cadeiras no comando da Polícia Militar do Rio de Janeiro, a partir do afastamento de dois oficiais que ocupavam postos de comando na área da Baixada Fluminense, epicentro da ação do Ministério Público.
O corregedor-geral da Polícia Militar, coronel Ricardo Arlen, assumirá o 3º Comando de Policiamento de Área (CPA), ao qual todos os batalhões da Baixada Fluminense estão subordinados. Essa função vinha sendo ocupada pelo coronel Ranulfo Brandão Filho. O novo corregedor-geral será o coronel Renato Assis, que vinha desempenhando a função de subcorregedor.
Oficial com larga experiência na área correcional, o coronel Gustavo Medeiros Bastos deixou o comando do 25º BPM (Cabo Frio) para assumir o 15º BPM (Caxias), em substituição ao tenente-coronel André Araújo de Oliveira.
A unidade de Cabo Frio, responsável pelo policiamento em toda a Região dos Lagos, passa a ser comandada pelo tenente-coronel Leonardo Ribeiro de Oliveira, que estava à frente do 34º BPM (Magé).
Já o batalhão de Magé passa a ser comandado pelo tenente-coronel André Aires de Araújo Pinto, que deixa o CIEAT (Centro de Instrução Especializada em Armamento e Tiro).
